Im Jahr 2007 kam er von der Jesuitenkirche Heidelberg an den Paderborner Dom, wo er die Leitung der Dommusik mit über 350 Sängerinnen und Sänger übernahm.
Im selben Jahr berief ihn die Philharmonische Gesellschaft Paderborn zu ihrem künstlerischen Leiter und Dirigenten ihrer Sinfoniekonzerte. Als Lehrbeauftragter ist er an der Hochschule für Musik Detmold tätig.

Bei einer Konzertreise noch Salzburg lernte er den Städtischen Musikverein Gütersloh schon im Jahr 1991 (noch als studentische Choraushilfe) kennen und schätzen, und so war er gerne bereit, 2018 die Nachfolge seines früheren Lehrers, Prof. Karl-Heinz Bloemeke, in Gütersloh anzutreten.

Geprägt von der geistlichen A-cappella-Chorkultur, arbeitet Thomas Berning auch mit dem großen Oratorienchor an einem in sich tragenden und flexiblen Chorklang und setzte schon in den ersten Konzerten Akzente in Werkauswahl und Klanggestaltung. Neben den großen Hauptwerken der Oratorien-Literatur möchte er regelmäßig auch weniger bekannte Werke dem Chor und seinem Publikum nahe bringen.